3秒钟评价微生物的“隐形威胁”他为地球上的微生物建了一个知识库

毛巾用着用着莫名其妙地发臭、变色，不是材质出了问题，而是看不见的微生物在悄悄“搞事”。

作为地球上的“原住民”，微生物“统治”这个星球已经超过35亿年。这些潜藏在人类眼皮底下的微生物，有的负责让你生病，有的默默帮你消化食物……地球上高达100万到1万亿种的微生物中，已经被描述和命名的大约只有不到2万种。

其中有一个名叫 “Acinetobacter chenhuanii sp. nov.”的新发现的不动杆菌，命名者就来自杭州。

5年前，新冠疫情暴发，生物学和生物信息学出身的陈欢决定成立一家大数据公司，专门为微生物建立知识库。基于基因测序、鉴定到变异建立的数字化系统和风险信息，只要3秒，可以完成对微生物的风险评估。

和地球的“原住民”打了20多年交道

去年4月，第34届欧洲临床微生物学与感染病学会全球峰会（ESCMID Global 2024）上，口头报告展示了关于“中国制药环境中不动杆菌的多样性和质粒驱动的碳青霉烯类耐药性传播”的研究。

这项研究由浙江大学医学院附属邵逸夫医院华孝挺研究员联合陈欢团队完成，首次对中国17个城市的制药生产环境中分离出的不动杆菌属菌株进行了全面分析，并从中发现了两个新菌种。

其中一种就是“Acinetobacter chenhuanii sp. nov.”——这是基于陈欢在本项目的重要贡献，团队以陈欢的名字（chenhuan）命名。

过去的20多年，陈欢几乎都在跟这些看不见的微生物打交道。2001年，从浙大生命科学院毕业后，他顺利进入了华大基因。

这一年，发生了一件基因测序技术史上的标志性事件——《自然》和《科学》杂志同时发表了人类基因组工作草图。作为当时的轰动性事件，它动用了全球6个国家的顶尖实验室，耗时10余年完成。其中，就有来自中国的团队——北京华大基因研究中心和中国科学院基因组研究所。

在华大基因，陈欢开始接触基因测序技术。2年后，从华大基因离职的他选择重新回到浙大，攻读生物信息学博士，研究更为细分的领域：微生物基因组学。其间，作为公派生的陈欢曾前往美国加州大学洛杉矶分校学习，开展艾滋病相关的致病机制研究。

博士毕业后，陈欢在体制内从事微生物研究12年，直到2020年初疫情的到来。

3秒钟揪出微生物界的意外来客

疫情暴发后，核酸检测和抗体检测作为常规检测手段被迅速普及，也让专业的基因测序与鉴定技术走进了公众视野。也是这个时候，陈欢突然意识到，可以成立一家基于微生物基因测序和解读的大数据公司，为微生物建立数据库。

微生物主要的应用场景为制药企业。作为特殊行业，药品生产最关键的不安全因素就是微生物污染。因此，制药行业有一套严格的微生物管控标准。

陈欢介绍，传统药企对于微生物的监测，一般来说就是在实验室里通过显微镜和生化实验来判断。一旦发现微生物污染，需要及时对微生物作出风险评估，决定是否报废这一批产品，以及向上追溯污染具体发生在哪一个环节。

“评估风险的过程需要查询很多的相关知识。”陈欢说。但往往因为数据来源复杂、资料太多，很难精准获取真实世界数据进行风险微生物的评估。

2022年，微数生物开始研发微生物的数字云平台，相当于为微生物建立了知识库，里面包含了微生物的基因组数据库、监测预警数据库、安全评估数据库等。

通过这套系统，平台能迅速告知药企这个微生物是什么来头，有没有风险，整个过程只要3秒钟。

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